Pondok atau Pasantren telah membuktikan keberadaannya di peradaban Melayu berperanan sebagai pelunggul masyarakat. Ahli masyarakat yang berpelunggul, walaupun ia bergerak jauh tetapi masih mempunyai ikatan. Sekiranya dia tersesat, dia boleh kembali semula dengan menyusuri tali pelunggul. Masyarakat tanpa pelunggul lambat-laun akan kehilangan titik-tengahnya, umpama ternakan yang tercabut pelunggul akan sesat dan mungkin merempuh tanpa arah.
Sudah tentu secara ikhlas kita mengaku institusi pondok mempunyai banyak kelemahannya, pun begitu kebaikannya melebihi kelemahan tersebut. Kelemahan itupun boleh diperbaiki tanpa mematahkan tulang-belakang institusi yang berjasa ini. Ianya adalah suatu institusi lama yang menyimpan khazanah bangsa. Warisan keilmuan bangsa masih bernafas di situ. Agaknya sudah ada gelegar yang perlu ditukar, ada atap yang perlu diganti dan air telaga yang perlu diperderaskan, tetapi janganlah binaannya diruntuhkan.
Suatu yang perlu difikirkan dan diusahakan bersama ialah langkah ke arah mengistitusikan pondok. Biasanya sesuatu pondok akan pupus dengan kematian guru pengasasnya sekiranya guru tersebut tiada memiliki anak atau menantu yang berkebolehan bagi meneruskan pengajian, ini kerana sesuatu pondok itu dimiliki oleh gurunya secara pribadi . Hal ini benar di Kelantan, Pattani dan juga di Indonesia. Sehingga hari ini kita tiada temui pondok yang berusia melebihi ratusan tahun, walaupun institusi ini wujud bersama masyarakat buat sekelian lama. Masalah kepupusan pondok mungkin dapat dielakkan sekiranya ianya diinstitusikan sebagaimana halnya dengan madrasah-,madrasah di benua India atau alAzhar di Masir.
Moga-moga cita-cita mahaguru kepada guru-guru pondok , Syaikh Ahmad alFatanni akan menjadi kenyataan:
Dan adalah hati hamba yang faqir sehabis-habis risau dan dukacita dengan ihmal[membiarkan] dan mensia-siakan bangsa kita ahli Tanah Melayu dan ahli segala tanah di bawah angin dan segala raja-raja mereka itu yang muslimin yang dahulu-dahulu dan sekarang ini, dan segala mereka yang kaya-kaya dan kemudahan daripada mereka itu, tiada memperdulikan akan mereka itu umpama segala perkara yang tersebut itu [mementingkan pendidikan dan kemajuan] hingga jadi kemudian daripada kemuliaan kita sekurang-kurang bangsa dan dinisbahkan kepada bangsa yang lain, dan hilang segala tempat kediaman kita dan kemegahan kita, maka sekelian itu dengan sebab taksir kita kepada umpama segala perkara itu dan sangka kita bahawa sanya sekelian demikian itu bukan daripada pekerjaan bergantung dengan agama kita. Maka sebab itu kita biarkan dia padahal jikalau kita tilik halus-halus nescaya berbimbang dengan segala perkara itu daripada sebesar-besar barang yang bergantung ia dengan agama kita, kerana demikian itulah dapat kuat atas segala seteru dan kekerasan yang dengan dialah hasil pelihara akan kemegahan agama kita dan menjadikan ia elok pada segala mata mereka dan besar masyhur pada segala pendengaran mereka itu dan hebat pada segala hati mereka itu. Dan adalah hamba yang haqir bercita-cita dalam hati sudah beberapa lama bahawa sanya Allah Ta'ala lagi akan memperdengarkan hamba dan memperlihatkan hamba di dalam masa hidup hamba ini bahawa adalah segala raja-raja Melayu yang besar-besar istimewa raja-raja di Tanah Pattani dab raja-raja Kelantan dan Trengganu dan Kedah yang amat mulia dan maha besar sekeliannya dan raja Johor yang masyhur dengan besar hemmahnya dan raja Deli yang masyhur dengan murahnya dan adilnya, menaruh mereka itu akan cemburu pada segala hati mereka itu dan membesarkan segala hemmah mereka itu dan menghadap inayah mereka itu dan menyungguh-ngungguhkan usaha mereka itu bahawa dijadikan segala negeri mereka itu bendaharaan ilmu dan perladungan kepandaian dan membuka segala mata anak jenis[rakyat] mereka itu kepada memandang cemerlang kebajikan dan handalan supaya kelihatan ada kemegahan bangsa Melayu antara segala alam dan tertinggi nama mereka itu antara bani Adam, dan bertambah-tambah kelebihan ulama mereka itu atas segala ulama dan bertambah nyata agama mereka itu atas segala agama
